בור זה נחשף בקיץ 1998 במהלך עבודות פיתוח האתר. קוטרו של הבור כ-15 מ', ולו שבעה פתחים. בורות המים היו חלק ממערך אספקת המים בירושלים בכל הדורות. במהלך החורף נאגרו בהם מי גשמים, ובהם השתמשו בחודשי הקיץ היבשים. הבור שלפנינו מאוחר כפי הנראה לתקופת המקרא אולם הירידה לתוכו, ממחישה את סיפורו הדרמטי של הנביא ירמיהו. ירמיהו ניבא בתקופת מלכי יהודה האחרונים לקראת חורבן הבית הראשון. הוא ניסה לעורר את לב העם לתקן את העוולות המוסריות, החברתיות והדתיות ודרש, במצוות ה', להיכנע לבבלים. העם לא שעה לדבריו, המלך ושריו התנגדו לעצותיו המדיניות וניסו להשתיקו. "ויקחו את-ירמיהו וישלכו אותו אל-הבור…אשר בחצר המטרה… ובבור אין-מים כי אם-טיט ויטבע ירמיהו בטיט" (ירמיהו לח ו). לעזרתו נחלץ עבד-מלך הכושי, ממשרתי המלך צדקיהו, ובעזרת שלושים אנשים "וימשכו את-ירמיהו בחבלים ויעלו אותו מן-הבור וישב ירמיהו בחצר המטרה" (ירמיהו לח יג).