ירמיהו נכלא בחצר המטרה הסמוכה לארמון המלך, ופעמיים אף הושלך לבור בבית אחד השרים. בכל פעם שביקש צדקיהו בשורה השיב לו הנביא באותה הרוח. פעם אחת, לקראת סוף המצור הבבלי, מתנגדיו הביאו כמעט למותו. הם הורידו אותו בחבלים לתוך בור מים שרק שכבת הבוץ שבתחתיתו נותרה: "ובבור אין מים כי אם טיט ויטבע ירמיהו בטיט" (יר' לח ו). רק בזכות עבד מלך הכושי ניצל ירמיהו. עבד מלך שכנע את צדקיה לרחם על הנביא ובעזרת 30 חיילים: "וימשכו את ירמיה בחבלים ויעלו אותו מן הבור" (שם יג).

בכניסה למרכז המבקרים של עיר דוד מצוי בור מים גדול. הבור היה בשימוש בעיקר החל מהתקופה הביזנטית (נתגלו בו גם שרידי טיח מימי הבית השני) אבל היורד לתוכו בסולם הברזל שהותקן לשם כך, יכול לדמות בנפשו את התייסרות הנביא הכלוא, ואת האווירה הטעונה ששררה בעיר ערב החורבן.