האירוע המקראי המוקדם ביותר הקושר את ירושלים בגורלו של העם היהודי, הוא פגישתו ההיסטורית של אברהם עם המלך מלכיצדק: "וּמַלְכִּי צֶדֶק מֶלֶךְ שָׁלֵם הוֹצִיא לֶחֶם וָיָיִן... וַיְבָרְכֵהוּ וַיֹּאמַר: בָּרוּךְ אַבְרָם לְאֵל עֶלְיוֹן קֹנֵה שָׁמַיִם וָאָרֶץ" (בראשית יד יח). שלם היא ירושלים כפי שניתן ללמוד מתהלים עו ג: "וַיְהִי בְשָׁלֵם סֻכּוֹ וּמְעוֹנָתוֹ בְצִיּוֹן". המפגש מתרחש בעמק שווה הוא עמק המלך, הסמוך כנראה אל העיר. זמן מה לאחר מכן הגיע אברהם בצווי ה' לארץ המוריה (בראשית כב), לעקוד את בנו יצחק. המקרא מזהה את ההר שעליו התרחש אירוע גורלי זה "הַר הַמּוֹרִיָּה" (דברי הימים ב, ג א) שבירושלים. ממצאים ארכאולוגיים רבים מלמדים כי ירושלים הכנענית הייתה בראשיתה עיר מוקפת חומה חזקה ומבוצרת היטב, ועל אף ממדיה הקטנים, הייתה קשה מאד לכיבוש. למרגלות הגבעה שעליה נבנתה העיר נבע מעיין הגיחון, אשר הוקף במערכת ביצורים אדירה, ששרידיה המרשימים התגלו לאחרונה. הכנענים שליטי העיר חצבו מערכת מים משוכללת ובה מעבר תת קרקעי המוליך אל המעיין לעת מלחמה. המקרא מספר שבעת כיבוש הארץ על ידי שנים עשר השבטים לא נושבה ירושלים על ידם ונותרה בידיים נכריות עד ימי דוד.

ירושלים כעיר היבוסי נזכרת לראשונה בספר יהושע (טו ח) ומאוחר יותר בספר שופטים בסיפור פילגש בגבעה (יט י): "וְלֹא אָבָה הָאִישׁ לָלוּן וַיָּקָם וַיֵּלֶךְ וַיָּבֹא עַד נֹכַח יְבוּס הִיא יְרוּשָׁלִָם". ירושלים היבוסית נותרה מובלעת נכריה בין נחלת שבט יהודה בדרום ונחלת שבט בנימין בצפון. על עצמתה של העיר היבוסית לומדים ממבנה האבן המדורג (תמונה) שנמצא על המדרון המזרחי של גבעת עיר דוד ואשר תמך כפי הנראה את מצודת העיר, היא מצודת ציון (שמואל ב, ה ז).

בשנת 1000 לפנה"ס לערך, הגיע אל העיר המלך דוד. דוד, שמלך לפני כן כשבע שנים בחברון, כבש את מצודת ציון והפך את "עיר יבוס" לבירתו הדתית והלאומית: "וַיֵּשֶׁב דָּוִד בַּמְּצֻדָה וַיִּקְרָא לָהּ עִיר דָּוִד" (שמואל ב, ה ט). דוד ביצר את העיר "וַיִּבֶן דָּוִד סָבִיב מִן הַמִּלּוֹא וָבָיְתָה" (שם,שם) ואף הקים כאן את ארמונו. בחפירה ארכאולוגית שמתקיימת בפסגת עיר דוד בימים אלה ממש החלו להתגלות שרידי מבנה גדול ומרשים שייתכן שיש לזהותו עם ארמונו של דוד. בדרום גבעת עיר דוד נתגלו מערות שיש המזהים אותן עם מערות הקבורה של מלכי בית דוד, כדברי התנ"ך: "וַיִּשְׁכַּב דָּוִד עִם אֲבֹתָיו וַיִּקָּבֵר בְּעִיר דָּוִד" (מלכים א, ב י).

חלומו של דוד להקים את בית המקדש בירושלים לא התגשם, שכן המקדש הוא בית שלום, ודוד היה איש מלחמה: "וְהָאֱלֹהִים אָמַר לִי: לֹא תִבְנֶה בַיִת לִשְׁמִי, כִּי אִישׁ מִלְחָמוֹת אַתָּה וְדָמִים שָׁפָכְתָּ" (דברי הימים א, כח ג). לדוד הובטח כי חזונו יוגשם על ידי בנו: "רַק אַתָּה לֹא תִבְנֶה הַבָּיִת, כִּי אִם בִּנְךָ הַיֹּצֵא מֵחֲלָצֶיךָ הוּא יִבְנֶה הַבַּיִת לִשְׁמִי" (מלכים א, ח יט). יוצא חלציו וממשיך דרכו של דוד היה בנו שלמה, אשר הומלך בירושלים ליד מעיין הגיחון לאחר ניסיון ההפיכה של אחיו אדוניה: "וַיִּמְשְׁחוּ אֹתוֹ... לְמֶלֶךְ בְּגִחוֹן וַיַּעֲלוּ מִשָּׁם שְׂמֵחִים... וְגַם יָשַׁב שְׁלֹמֹה עַל כִּסֵּא הַמְּלוּכָה" (מלכים א, א מה-מו). מפעלו החשוב ביותר של שלמה בירושלים היה הקמת המקדש: "וַיָּחֶל שְׁלֹמֹה לִבְנוֹת אֶת בֵּית ה' בִּירוּשָׁלִַם בְּהַר הַמּוֹרִיָּה" (דברי הימים ב, ג א). בקרבת המקדש מדרום, בנה את בית המלך החדש וכן את בית יער הלבנון, את אולם הכסא למשפט ואת בית בת פרעה רעיית המלך. שלמה חיבר, כפי הנראה, את הר המוריה כולו לעיר בחומה חדשה.

זמן קצר לאחר מות שלמה התפלגה הממלכה המאוחדת לממלכות ישראל ויהודה, ואלו עברו טלטלות עזות. בסוף המאה השמינית לפנה"ס נפלה ממלכת ישראל הצפונית (ובירתה שומרון) ביד האימפריה האשורית, וירושלים נותרה הבירה העברית היחידה. בימי המלך חזקיהו איים סנחריב מלך אשור על שלומה של ירושלים. חזקיהו נערך לקראת הבאות על ידי חיזוק ביצורי העיר: "וַיִּתְחַזַּק וַיִּבֶן אֶת כָּל הַחוֹמָה הַפְּרוּצָה וַיַּעַל עַל הַמִּגְדָּלוֹת וְלַחוּצָה הַחוֹמָה אַחֶרֶת, וַיְחַזֵּק אֶת הַמִּלּוֹא עִיר דָּוִיד, וַיַּעַשׂ שֶׁלַח לָרֹב וּמָגִנִּים" (דברי הימים ב, לב ה). חזקיהו בנה חומה רחבה וחזקה ששרידיה נראים עד היום ברובע היהודי ובהר ציון. חומה זו מעידה על כך שעוד קודם ימי חזקיהו התרחבה העיר אל עבר הגבעה המערבית. בנוסף לביצורים, הזרים חזקיהו את מי הגיחון פנימה אל העיר בתעלה תת קרקעית חצובה, היא נקבת חזקיהו. הנקבה הוליכה את המים אל ברכת השילוח, שבשפך הגיא המרכזי. על פעולה מופלאה זו מספר התנ"ך: "וְהוּא יְחִזְקִיָּהוּ סָתַם אֶת מוֹצָא מֵימֵי גִיחוֹן הָעֶלְיוֹן וַיַּישְּׁרֵם לְמַטָּה מַּעְרָבָה לְעִיר דָּוִיד וַיַּצְלַח יְחִזְקִיָּהוּ בְּכָל מַעֲשֵׂהוּ" (דברי הימים ב, לב ל) . כתובת השילוח שנחקקה על דופן הנקבה, מלמדת על חציבת הנקבה משני כיוונים בו זמנית, ועל שמחת החוצבים בעת מפגשם זה עם זה. בשנת 701 לפנה"ס התקדמו צבאות סנחריב מלך אשור, החריבו את הארץ ועמדו מול חומות ירושלים. מצור סנחריב על ירושלים נכשל, כפי שחזה הנביא ישעיהו: "כֹּה אָמַר ה' אֶל מֶלֶךְ אַשּׁוּר: לֹא יָבֹא אֶל הָעִיר הַזֹּאת וְלֹא יוֹרֶה שָׁם חֵץ... וְגַנּוֹתִי אֶל הָעִיר הַזֹּאת לְהוֹשִׁיעָהּ" (מלכים ב, יט לב).

כעבור כמאה שנה עלה צילה המאיים של האמפריה הבבלית ובפני מלכי יהודה האחרונים עמדה הברירה - למרוד או להיכנע בפני נבוכדנאצר מלך בבל. הנביא ירמיהו, בניגוד לישעיהו, חזה עתיד קשה של חורבן על ירושלים במאבקה עם האויב: "כֹּה אָמַר ה': הִנְנִי נֹתֵן אֶת הָעִיר הַזֹּאת בְּיַד מֶלֶךְ בָּבֶל וּשְׂרָפָהּ בָּאֵשׁ" (ירמיהו לד ב). הוא קרא למלכי יהודה להיכנע בפני הבבלים ואל העם קרא לחזור מדרכיו הרעות ומהשחיתות המוסרית שפשתה בחברה ובמלוכה. אך ללא הועיל, יהויקים, מאחרוני מלכי יהודה, סירב לשמוע בעצת הנביא ואף רדף אותו ואת סופרו הנאמן ברוך בן נריה שהפיץ את נבואותיו. בימי צדקיהו, אחרון מלכי יהודה, השליכו שרי המלך, שונאיו של ירמיהו, את הנביא אל בור הכלא במטרה שיטבע בטיט, אולם עבד- מלך הכושי, אחד מפקידי צדקיהו, שכנע את המלך לחלצו מהבור. ירמיהו ניצל אך לא זה היה גורלה של העיר.

לאחר מצור ממושך וקשה על ירושלים, החריב נבוכדנאצר את העיר, כפי שחזה ירמיהו, "וישרוף אֶת בֵּית ה' וְאֶת בֵּית הַמֶּלֶךְ וְאֵת כָּל בָּתֵי יְרוּשָׁלִַם, וְאֶת כָּל בֵּית גָּדוֹל שָׂרַף בָּאֵשׁ" (מלכים ב, כה ט). המלך צדקיהו נתפס על ידי הבבלים ועם ישראל יצא לגלות בבל. שם, "עַל נַהֲרוֹת בָּבֶל... יָשַׁבְנוּ גַּם בָּכִינוּ בְּזָכְרֵנוּ אֶת צִיּוֹן" (תהלים קלז א). שארית הפלטה בארץ נותרה ללא מקדש וללא מנהיג. גְּדַלְיָה בֶן אֲחִיקָם מן המצפָּה שמונה על ידי הבבלים להשליט סדר ולהנהיג, נרצח על ידי יִשְׁמָעֵאל בֶּן נְתַנְיָה משושלת המלוכה (ירמיהו מ-מא). בין בתי ירושלים השרופים בעיר דוד נתגלה בחפירות ארכאולוגיות מטמון בּוּלוֹת- טביעות חותם עשויות טיט , וביניהן בּוּלָה שעליה מוטבע שמו של גְּמַרְיָהוּ בֶן שָׁפָן הַסֹּפֵר (ירמיהו לו י), שר בחצרו של המלך יהויקים ודודו של גדליה בן אחיקם. בחפירות שנערכו לאחרונה במרומי עיר דוד, נתגלתה בּוּלה נוספת, ועליה מוטבע שמו של יוּכַל בֶּן-שֶׁלֶמְיָהוּ (ירמיהו לח א), מבכירי חצרו של המלך צדקיהו. ממצאים אלה מעלים את זכרם של אלה שפעלו בירושלים בימי פארה, ולא השכילו לשמוע לנביא שחזה את חורבנה.

לאחר הצהרת כורש הפרסי בשנת 538 לפנה"ס שבו רבים מגולי בבל לארץ ישראל. בשנת 516 לפנה"ס, 70 שנה לאחר תחילת הגלות חנכו שבי ציון את בניין הבית השני. באמצע המאה החמישית עלה עזרא הסופר אשר שימש מנהיג דתי-רוחני, הוא הנהיג רפורמה דתית שכללה גירוש נשים נכריות וקריאה קבועה בספר התורה מדי שבוע. מספר שנים מאוחר יותר הגיע נחמיה הפחה שחידש את חומות העיר. בספר נחמיה מופיע תיאור עגום של חומות ירושלים החרבות לפני בנייתן ושיקומן: "וָאֵצְאָה בְשַׁעַר הַגַּיא לַיְלָה... וָאֱהִי שֹׂבֵר בְּחוֹמֹת יְרוּשָׁלִַם אֲשֶׁר הֵם פְּרוּצִים, וּשְׁעָרֶיהָ אֻכְּלוּ בָאֵשׁ. וָאֶעֱבֹר אֶל שַׁעַר הָעַיִן וְאֶל בְּרֵכַת הַמֶּלֶךְ, וְאֵין מָקוֹם לַבְּהֵמָה לַעֲבֹר תַּחְתָּי" (נחמיה ב יג-יד). חומת העיר החדשה במזרח עברה בתוואי גבוה יותר מהחומה הקודמת בשל המצבור העצום של ההריסות והשפכים במורדות ההר. בחפירות שנערכו במדרון המזרחי של עיר דוד נתגלו שרידים מהתקופה הפרסית ונראה גם כי המגדלים והחומה החשמונאית מימי בית שני, שנבנו בראש הגבעה, בנויים על תוואי הביצורים שבנה נחמיה באזור זה. עם השנים תפסו ההלניסטים את מקומם של הפרסים בשלטון על הארץ. לאחר המרד החשמונאי נגד בית סלווקוס הפכה ירושלים לבירה המדינית של מדינת יהודה ועם השנים גדלה בשטחה ובתפארתה. אל העיר נהרו עולי רגל רבים מארץ ישראל ומהפזורה היהודית בחוץ לארץ. ברכת השילוח שהותקנה לקראת סוף ימי הבית השני הפכה אחד המוקדים לעולי הרגל לקראת העלייה להר הבית.

בימי הורדוס, תחת שלטון הרומאים (המאה הראשונה לפנה"ס) הגיעה ירושלים לשיא פריחתה. הבנייה המסיבית בעיר מתוארת בספריו של יוסף בן מתתיהו. במהלך המאה הראשונה לספירה נבנו בעיר דוד, כפי הנראה, מספר ארמונות של משפחת מלכי חדייב, אולם טרם נתגלה כל שריד מארמונות אלו. שנים אחדות לאחר מות הורדוס כפו הרומאים שלטון נציבים ביהודה. בשנת 66 לספירה פרץ המרד הגדול נגד השלטון הרומאי, העיר באה במצור ובשנת 70 הובקעו החומות ובית המקדש השני הועלה באש.

לאחר חורבנה של ירושלים במרד הגדול, הפך חלקה הדרומי של עיר דוד למחצבה. במהלך התקופה הביזנטית נבנו בעיר דוד בתי מגורים ומבנים חקלאיים אשר מעט משרידיהם נתגלו בשטח מרכז המבקרים ולאחרונה אף בחפירות חניון גבעתי. באמצע המאה החמישית לספירה שיקמה הקיסרית אאודוקיה, אשתו של תאודוסיוס השני קיסר ביזנטיון, את חומת ירושלים וכללה בה את גבעת עיר דוד. בדרום עיר דוד בנתה אאודוקיה את כנסיית השילוח בה שולבה בריכת השילוח. שרידים מעטים מכנסיה זו נראים כיום באזור מוצא נקבת השילוח. בתקופה זו נשתכחה כבר חשיבותה של עיר דוד כראשיתה של ירושלים ומסורות שונות (שראשיתן כפי הנראה כבר בשלהי ימי הבית השני) זיהו את עירו (ולאחר מכן גם את מקום קבורתו) של דוד בהר ציון.

הכיבוש המוסלמי של ירושלים מידי הביזנטים, לא שינה רבות את המיבנה הפיסי של העיר. עם זאת, אוכלוסייתה של העיר התמעטה עקב הגירתם של תושבים נוצרים מן העיר לתחומי הממלכה הביזנטית. עם המעבר לשלטון מוסלמי בירושלים, הוסר האיסור הרשמי על מגורי יהודים בעיר. על פי חוזה הכניעה שחתם החליף עומר עם הנוצרים בעיר, התחייבו המוסלמים שלא להניח ליהודים להתיישב בעיר אולם על פי מקור מן הגניזה הקהירית, הותר לכ-70 משפחות יהודית מטבריה לעלות לירושלים ולהתגורר בה. היהודים קבעו את מושבם בצפון עיר דוד בשל הקרבה להר הבית ולשילוח. בחפירות המתקיימות בימים אלו בחניון גבעתי, בצפון עיר דוד, נחשפו שרידי התיישבות מהתקופה המוסלמית על פני שטח נרחב. ממצאי החפירה מלמדים אותנו על התיישבות אינטנסיבית באזור זה אשר שימש הן למסחר והן למגורים. בשנת 1033 ארעה רעידת אדמה חזקה בארץ ישראל אשר גרמה להריסת חומות ירושלים. כאשר שוקמו החומות כ- 30 שנה מאוחר יותר, נבחר תוואי מקוצר לחומה הדרומית אשר השאיר את עיר דוד מחוץ לחומה. היהודים נאלצו לעבור לאזור אחר של ירושלים.

מאז בניית החומות על ידי השליטים הפאטימים בשנת 1063, נשארה עיר דוד מחוץ לתחומי העיר המבוצרת וההתיישבות בה פסקה. מעיין הגיחון המשיך לשמש כמקור מים מרכזי לתושבי ירושלים אשר שאבו את מימיו והובילו אותם אל בין החומות. בזמן השלטון העות'מאני, החל להתפתח על הגבעה שממזרח לעיר דוד, מעברו השני של נחל קדרון, יישוב כפרי דליל שהפך עם השנים לכפר סילואן. כפר זה סופח לתחומי ירושלים בשנת 1921 והפך לאחת משכונות העיר. בשלהי השלטון העות'מאני, נמצאה בדרום עיר דוד, כתובת השילוח המתעדת את חציבתה של ניקבת השילוח בתקופת הבית הראשון, בימיו של המלך חזקיהו. הכתובת נמצאה כ-6 מטרים לפני מוצא הנקבה בבריכת השילוח, אולם היא נמצאת עד היום במוזיאון הארכיאולוגי באיסטנבול.

במהלך המאה התשע עשרה פקדו חוקרים וארכאולוגים לא מעטים את גבעת עיר דוד במטרה לחשוף את צפונותיה. כך חשף אדוארד רובינסון האמריקני את מסתריה של נקבת השילוח הקדומה והחוקר הבריטי צ'ארלס וורן גילה את מערכת המים ואת הפיר המפורסם הנקראים עד היום על שמו - מערכת פיר וורן. בשנת 1873 זכתה עיר דוד לעדנה יהודית, כאשר בני משפחת מיוחס הקימו בה את ביתם. היה זה בשל עיסוקם במסחר שנפגע עקב נעילת שערי העיר העתיקה מדי ערב ופתיחתם רק בבוקר. היה זה גרעין ההתיישבות היהודי הראשון מזה מאות שנים בגבעה, שידעה עבר יהודי כה מפואר. כעשר שנים לאחר מכן, עם עליית התימנים בשנת 1882 (עליית אעלה בתמר) חברו למשפחת מיוחס עולים חדשים מתימן, אשר שמו משכנם במערות בקרבת הכפר סילוואן מול עיר דוד. בשנת 1884, בעקבות התערבותם של נדיבים יהודים, הוקמה לבני העדה שכונה יפה מול עיר דוד (על צלע הר הזיתים), שנקראה בשם כפר השילוח. השכונה היהודית שגשגה וצמחה, אך נפגעה קשות בפרעות תרפ"ט (1929). לאחר שהתאוששו מן המכה, שבו היהודים לכפר השילוח והעמיקו את אחיזתם בו. כוחה של עקשנות זו לא עמד לה עם פרוץ "המרד הערבי" בשנת 1936. במשך שנתיים התנכלו הערבים יושבי המקום לשכניהם היהודים, עד כי אלה נטשו אותו סופית בשנת 1938.

בעקבות ההכרזה על הקמת מדינת ישראל בה' באייר תש"ח (14.5.48) הצטרפו לכנופיות הערביות המקומיות גם צבאות ערב, ואלה תקפו את ישראל בכל החזיתות. הקרב, שהתנהל על העיר העתיקה בירושלים נמשך כשבועיים, ובעקבותיו נפל הרובע היהודי בידי האויב. עם הפסקת האש ב-30 בנובמבר 1948 שורטט קו הגבול בין ישראל וירדן, כך שעיר דוד והעיר העתיקה כולה נותרו בידי הירדנים. במשך 19 שנים לא הייתה כל גישה ליהודים אל ירושלים הקדומה, וניתן היה לצפות אל מורדותיה רק מפסגת הר ציון. במהלך שנות השישים חפרה בעיר דוד הארכאולוגית הבריטית, קתלין קניון, אשר חשפה לא מעט ממצאים מרשימים, ביניהם חומות העיר הכנענית במורד המזרחי של הגבעה.

ב-5 ביוני 1967 פרצה מלחמת ששת הימים, שחוללה תמורות מרחיקות לכת במעמדה המדיני של ירושלים; העיר העתיקה וכן גבעת עיר דוד הסמוכה לה שוחררו בידי צה"ל . הסתיימו 19 שנים בהן נמנעה מיהודים הגישה אל המקומות הקדושים והמשמעותיים להם ולראשונה מזה אלפיים שנה חזרה הריבונות על העיר לעם היהודי.

לאחר מלחמת ששת הימים אוחדה ירושלים וקו הגבול נמחה אולם מקומם של היהודים נפקד מגבעת עיר דוד. בסוף שנות השבעים החלה חפירה ארכאולוגית שנמשכה מספר עונות בעיר דוד, בהנהלת פרופ' יגאל שילה, חפירות אלו הניבו תוצאות וידיעות רבות על ירושלים הקדומה אשר משמשות אותנו עד היום. במהלך השנים שחלפו מאז נתקיימו חפירות נוספות שהעשירו את ידיעותינו על עיר דוד. בשנת 1991 החלו יהודים לחזור ולגור בגבעת עיר דוד וכיום מתגוררות בה כארבעים משפחות, "מרכז המבקרים עיר דוד" פועל במקום כדי להביא כמה שיותר אנשים לבקר ולחוות את המקום בו..... הכול התחיל.